El primer dato fundacional que se tiene de la Federación Andaluza de Fútbol es del día 22 de Febrero de1.915, por la que se denominó FEDERACIÓN NOVENA DE FOOTBALL CLUBES. El fuerte impulso que había cobrado el nuevo deporte del “football” en Andalucía a comienzos del año 10 hizo necesaria la creación de una institución futbolística andaluza que aglutinara a todas las sociedad de fútbol existentes hasta la fecha y organizara las primeras competiciones regionales.

El día 29 de Julio de 1.916 pasó a denominarse FEDERACIÓN REGIONAL SUR, que abarcaba Andalucía, Extremadura, Norte de África y Canarias. Ese mismo año se organizó la primera Copa de Andalucía, torneo que desde 1.910 organizaba de manera oficiosa el recreativo de Huelva.

A finales de la década de 1.930 comenzaron a funcionar las Delegaciones Provinciales de la Federación regional Sur en toda Andalucía, organizando competiciones de carácter provincial. El 17 de Marzo de 1.950 tomó la denominación actual de FEDERACIÓN ANDALUZA DE FÚTBOL.

La Federación Andaluza organiza los Campeonatos de Andalucía de Selecciones Provinciales y de clubes en categorías inferiores: Juvenil, Cadete y más tarde el Infantil, Alevín y Benjamín.

La Selección Andaluza de Fútbol, que tiene su origen allá por 1928, cobra continuidad con Eduardo Herrera en la Presidencia de la FAF. En 1990 juega dos partidos en conmemoración del 75 Aniversario de la FAF y, desde 1998, la Selección se reúne anualmente en un partido amistoso que le enfrenta a una Selección Nacional.

Eduardo Herrera consigue además en 1992 una nueva sede social para la Federación Andaluza, abandonando ésta la céntrica casa de la calle O’Donnell y trasladándose al barrio sevillano del Cerro del Águila, en un edificio propio y de mayores dimensiones.